為發揮產業技術創新戰略聯盟在引領和支撐產業技術創新中的重要作用，根據《國家技術創新工程總體實施方案》、《關于推動產業技術創新戰略聯盟構建與發展的實施辦法（試行）》和《國家科技計劃支持產業技術創新戰略聯盟暫行規定》精神，科技部于近期在國家科技支撐計劃安排一定額度經費，支持聯盟作為組織單位組織實施重大項目。
作為組織單位的聯盟在科技部選擇開展試點的聯盟中選擇，擬開展的項目應符合聯盟協議書確定的技術創新方向和重點任務，著眼于構建產業技術創新鏈。有30多個試點聯盟提成的項目建議通過立項可行性論證，預計國撥經費將超過20億元。“十二五”期間，科技部將進一步深化國家科技計劃管理改革，把產業技術創新戰略聯盟作為項目組織實施的重要載體。
