經過十幾年的建設與發展，國家工程中心作為科技基地建設的重要內容，與國家科技計劃相互配合，促進了科技與經濟的有效結合，推動了傳統產業的技術進步，促進了新興產業的崛起，已逐步發展成為國家創新體系的重要組成部分。
為加強國家工程中心運行管理，充分發揮國家工程中心作用，科技部對進入運行階段的工程中心進行了評估。通過運行評估，對60多個運行良好的中心給予了滾動性強化支持，對少數運行狀況較差的中心提出了要求和建議。第三次國家工程技術研究中心運行評估是對2004年以前通過驗收、正式投入運行兩年以上的89個國家工程中心進行整體運行評估。運行評估結果表明，國家工程中心整體運行良好，在工程化及產業化能力、行業帶動作用、對外開放服務、經濟收益和社會效益、運行機制建設等方面取得了良好效果。
在工程化研發能力與水平方面，國家工程中心成果的水平與成熟度同步提高，取得了一批具有國內外先進水平的重大工程化成果，成果轉化、技術集成配套的能力進一步加強；聚集、培養了一批優秀復合型人才，初步形成結構合理、高素質的人才隊伍；研發投入不斷增加，改善了中試試驗設施與手段，建立了高水平、通用性較強的技術開發平臺。
在行業地位與作用方面，行業影響力進一步提高，64 ％的中心在行業中具有“十分重要”和“重要”的地位與作用，對行業技術發展的引導、帶動和示范作用逐步增強；積極實施“專利戰略”與“標準戰略”，培育行業關鍵技術的自主創新能力；以適用的高新技術、高附加值產品為突破口，積極探索工程化成果擴散、輻射機制，通過“技術入股”、“技術轉讓”、“工程技術承包”和“技術服務”等多種途徑，不斷地向行業推廣新技術、新產品、新工藝，促進了行業技術進步。
國家工程中心采取“網絡制”、“股份制”、“會員制”、“聯合實驗室”、“成果轉化基地”等多種模式，建立了與上、下游單位合作的網絡和國際合作交流的渠道，積極開展聯合技術攻關、學術交流等活動，在對外開放與服務方面，取得了良好效果；積極開展人員培訓、學術交流，為行業培養、輸出高水平的工程技術和管理人才，提高工程技術人才隊伍的整體素質。
國家工程中心對運行管理的機制和模式進行了積極的探索，采用獨立型、相對獨立型（依托單位二級機構）、整建制掛牌型和多依托單位聯合組建等多種模式，逐步完善了管理制度，協調國家、行業目標與依托單位目標，實現國家工程中心建設宗旨。五年來，絕大部分國家工程中心資產狀況良好，經濟效益增長較快，年平均增長率接近20%,處于穩定運行發展之中。
為更好地發揮國家工程中心作用，科技部將加大支持力度，采取多種方式支持國家工程中心提高工程化能力和發揮行業作用；同時，通過建立競爭、激勵機制，優化國家工程中心整體布局。為此，科技部于二〇〇九年九月八日以國科發計[2009]518號文發布公告，決定對于在國家工程中心第三次運行評估中表現優秀、良好的國家工程中心（附件一）予以表彰；對于評估結果為問題較多的個別國家工程中心，提出警告或撤消國家工程中心稱號（附件二）。各有關國家工程中心主管部門應進一步提高認識，強化國家工程中心運行管理，加強科技基礎能力建設，提高科技競爭力和自主創新能力，充分發揮科技支撐作用，為經濟社會平穩較快發展做出貢獻。
